يظهر رجال المنظمة السوداء في هذا الفلم وتكون مهمتهم تصفية مبرمج حاسوب كان يعمل مع المنظمة اسمه هارا وكذلك تفجير الطابق الأربعين في البرج المزدوج لشركة توكيوا (و هو أعلى برج في طوكيو) لأنه يحتوي على بيانات سرية عن المنظمة خزنها هارا هناك. في الوقت الذي قتل فيه جين هارا تقع سلسلة جرائم دبرها أحد راسمي جبل فوجي وذلك انتقاما من صاحبة البرجين التي قسمت ببنائها هذا جبل فوجي إلى نصفين (حسب فلسفته), أثناء حفل افتتاح البرج المزدوج تقوم المنظمة السوداء بتفجير ناطحة السحاب هذه وهنا تبدأ الإثارة حيث يعلق أصدقاء كونان في الطابق الستين ولا يوجد وسيلة لإنقاذهم إلا سيارة فورد موستنج إستعملها كونان ورفاقه في الطيران من البرج الأول إلى الثاني! وقد بقيت هايبرا عند عداد القنبلة حيث أنها ارادت ان تموت لكي لا تسبب المشاكل لغيرها ولكن جينتا انقذها.